本局組織架構為:局長、副局長、公害防治科、環境管理科、廢棄物規劃科、行政室、人事室、會計室
公害防治科:
空氣污染、水與土壤及地下水污染、街道揚塵洗掃、節能減碳、低碳島計畫、公害糾紛陳情、環保教育宣導、噪音污染防制、毒性化學物質管制、環境影響評估。
環境管理科:
病媒蟲鼠防治、海岸線清潔維護、營造永續優質環境計畫、公廁管理、事業廢棄物管理、飲用水衛生管理、違規廣告、一般性廢棄物稽查、救災防災。
廢棄物規劃科:
垃圾處理、資源回收、綠色採購、廚餘回收、公民清除處理機構管理、限塑政策、再生工坊。
行政室:
文書、印信、研考、採購、財產管理、事務管理、資訊業務、檔案管理、出納。
人事室:
組織編制、任免遷調、考績獎懲、差勤管理、退休撫卹、公保健保、待遇福利、人事資料管理。
會計室:
歲計、會計、統計。